Magneettikuvauksessa aivorakenteiden tilaa arvioidaan niiden ääriviivojen, koon ja kudostiheyden perusteella. On tärkeää huomata, että magneettikuvauksessa kudostiheys heijastuu niiden vesipitoisuuden perusteella, ja siksi sillä voidaan ensisijaisesti tunnistaa sellaisia leesioita kuin aivoödeema ja turvotus (CED), myeliinin vaurioitumissairaudet ja kasvaimet.