Puutiaisaivotulehduksen aiheuttaa flavivirus, jota levittävät puutiaiset. Tartuntatapauksia on kuvattu tuoreen maidon välityksellä. Kymmenen päivän itämisajan jälkeen oireet ilmenevät nuhana, kuumeena, päänsärynänä, nivelkipuna ja keskushermostovaurioina (enkefaliitti - 30 %, aivokalvontulehdus - 60 %, meningoenkefaliitti - 10 %). Rokottaminen puutiaisaivotulehdusta vastaan endeemisillä alueilla on johtanut esiintyvyyden vähenemiseen.