Kilpirauhasen mikrosomaaliseen fraktioon kohdistuvien vasta-aineiden määrittämistä käytetään autoimmuunityreoidiittia ja kilpirauhasen vajaatoimintaa diagnosoitaessa, joissa veren vasta-ainetaso nousee. Kilpirauhasen mikrosomien vasta-aineet muodostavat immuunikomplekseja solujen pinnalle, aktivoivat komplementtia ja sytotoksisia lymfosyyttejä, mikä johtaa solujen tuhoutumiseen ja tulehdusprosessin muodostumiseen kilpirauhasessa.