EEG-analyysi suoritetaan rekisteröinnin aikana ja lopuksi sen päätyttyä. Rekisteröinnin aikana arvioidaan artefaktien esiintyminen (verkkovirtakenttien induktio, elektrodin liikkeen mekaaniset artefaktit, elektromyogrammi, EKG jne.) ja ryhdytään toimenpiteisiin niiden poistamiseksi. EEG:n taajuus ja amplitudi arvioidaan, tunnistetaan ominaiset graafiset elementit ja määritetään niiden spatiaalinen ja ajallinen jakauma.