Imunestejärjestelmän häiriöt kehittyvät, kun imusolmukkeet (tulehdus, arven kutistuminen, etäpesäkkeet, kasvaimet), verisuonet (tulehdus, puristus, trauma, epämuodostumat), tiehyet (yleensä repeämän muodossa oleva trauma) tai muiden elinten ja järjestelmien sairauksien (allergia, verenpainetauti, munuaisten, maksan ja sydämen vajaatoiminta jne.) toiminnallisten häiriöiden seurauksena vaurioituvat. Imunestejärjestelmän häiriöt voivat olla akuutteja (väliaikaisia) ja kroonisia.