Sairaalahoitoon otetaan keskivaikeaa tai vaikeaa rotavirusinfektiota sairastavat potilaat sekä potilaat, joilla on korkea epidemiologinen riski (vähentynyt potilaiden määrä). Rotavirusinfektion monimutkaiseen hoitoon kuuluvat terapeuttinen ravitsemus, etiotrooppinen, patogeneettinen ja oireenmukainen hoito.