Primaarisessa tuberkuloosissa leesio sijaitsee yleensä imusolmukkeissa, keuhkoissa, keuhkopussissa ja joskus muissa elimissä: munuaisissa, nivelissä, luissa, vatsakalvossa. Spesifisen tulehduksen alue voi olla hyvin pieni ja pysyä piilossa tutkimuksen aikana. Jos leesio on suuri, se havaitaan yleensä potilaan kliinisen ja radiologisen tutkimuksen aikana.