Meningokokit ovat gramnegatiivisia pallomaisia soluja, joiden halkaisija on 0,6–0,8 µm. Potilaalta otetusta näytteestä valmistetuissa sivelynäytteissä ne ovat kahvipavun muotoisia, usein pareittain tai tetradeina tai satunnaisesti, usein leukosyyttien sisällä – epätäydellinen fagosytoosi.