Yleisimmät sarveiskalvonsiirron indikaatiot ovat rakkulainen keratopatia (pseudofaakinen, Fuchsin endoteelidystrofia, afaakinen), keratokonus, uusintakudosten siirto, keratiitti (virus-, bakteeri-, sieni-, akantameeba-, perforaatio) ja strooman sarveiskalvon dystrofiat.