HIV-infektiota sairastavien AIDS-vaiheessa olevien potilaiden ennuste on epäsuotuisa: tauti kehittyy hyvin heikolla immuunijärjestelmällä, tehokasta etiotrooppista hoitoa ei ole, edes riittävällä patogeneettisellä ja antiretroviraalisella hoidolla, CD4-lymfosyyttien määrällä ei ole aikaa nousta suojaavalle tasolle. Potilailla, joilla on normaali CD4-lymfosyyttien määrä tai lievä immuunipuutos, ennuste on suotuisa.