Metotreksaatti, antimetaboliittiryhmään kuuluva, on rakenteellisesti samanlainen kuin foolihappo (pteroyyliglutamiinihappo), koostuen pteridiiniryhmistä, jotka ovat liittyneet para-aminobentsoehappoon, joka puolestaan on liittynyt glutamiinihappotähteisiin.