Aivorunko on selkäytimen jatke rostraalisuunnassa. Niiden välinen ehdollinen raja on kohta, josta ensimmäiset kaulajuuret lähtevät ja josta pyramidin muotoinen haarautuminen päättyy. Aivorunko jaetaan takaaivoihin ja keskiaivoihin. Ensimmäisiin kuuluvat ydinjatke, aivosilta ja pikkuaivot. Sen jatke on keskiaivot, jotka koostuvat neliaivoista ja aivojen punkeista ja jotka reunustavat väliaivoja (talamus, hypotalamus, subtalamus).