Kliinisesti shigelloosin diagnoosi voidaan tehdä vain taudin tyypillisessä koliittisessa variantissa. Diagnoosin selventämiseksi tapauksissa, joita ei ole vahvistettu laboratoriotesteillä, suoritetaan rektoskopia, joka kaikissa shigelloosin tapauksissa paljastaa kuvan koliitista (katarraali, verenvuotoinen tai erosiivis-ulseratiivinen), johon liittyy distaalisen paksusuolen limakalvon vaurioita, usein sulkijatulehdusta.