Ruton aiheuttaja on gramnegatiivinen pieni polymorfinen liikkumaton sauvabakteeri Yersinia pestis, joka kuuluu Yersinia-sukuun kuuluvaan Enterobacteriaceae-heimoon. Sillä on limakalvoinen kapseli, eikä se muodosta itiöitä. Se on fakultatiivinen anaerobinen. Se värjäytyy bipolaarisilla aniliiniväreillä (voimakkaammin reunoilla). Ruttobakteerista on rotta-, murmeli-, maataskurotti-, pelto- ja gerbiilimuunnoksia.